Наиболее распространенной формой классовой борьбы эксплуатируемых крестьян и горожан была богословская ересь.
"Божий страх", постоянно внушаемый церковью глубоко религиозному средневековому человеку, предполагал безусловное смирение перед властью, ибо "нет власти - аще не от бога". Ропот, протест, сопротивление трактовались всегда как тяжкий грех. Возникала безвыходная ситуация: тяготы и гнет невыносимы, но бороться против них - значит впасть во грех. Для богатых и сильных такой дилеммы не существовало: они законно используют труд неимущих и богатеют, не совершая греха, если не крадут, не лихоимствуют, не занимаются разбоем. Если все-таки порой не обходится и без этого, то можно добиться прощения у бога, подав нищим, уделив толику бедным, одарив монастырь либо основав новый.
Но как бедняку улучшить свое положение? И вот тут на помощь приходила ересь. Представлявшийся ранее греховным путь борьбы со светской властью и официальной церковью объявлялся подвигом во славу "истинного бога". Так учили и манихеи, и павликиане, и богомилы, отвергавшие официальную церковь со всеми ее учреждениями, служителями и обрядами и светскую власть с подвластным василевсу аппаратом насилия.
Сила ереси состояла не в конструктивной программе - ересь не сулила своим приверженцам счастья в этой жизни: она утверждала лишь суровое подвижничество; ее сила заключалась в острой критике существующих социальных порядков. Павликиане, например, доказывали, что весь материальный мир есть творение дьявола (поэтому богородица не могла родить богочеловека, и Христос никак не мог иметь телесной оболочки), лишь мир духовный - мир божий. В самих еретических трактатах обычно не содержится призывов к ниспровержению несправедливого правопорядка (материальное зло неустранимо с помощью материальных средств) - ересь звала к пассивному сопротивлению господам, правителям, иерархам.
Однако еретики в Византии, как и в странах Западной Европы, брались иногда за оружие, защищаясь от репрессий властей. В IX в павликиане вели настоящую затяжную войну против императорских войск. Своеобразное государство павликиан с центром в городе Тефрике в Малой Азии (на востоке фемы Армениак) пало только после того, как силы его окончательно истощились в длительной и кровавой борьбе. Вслед за решительной победой правительственных войск в 872 г. началось беспощадное истребление десятков тысяч еретиков, которых рубили, топили, вешали, сжигали, распинали.
Но ересь не была уничтожена окончательно. В середине X в. она возродилась - и прежде всего в Северной Сирии. Иоанн I Цимисхий переселил еретиков в Северную Фракию (где уже в VIII в., если не ранее, находилась армянская колония и где широко были распространены и монофиситство, и павликианство), обязав их нести военную службу на границе с болгарами. Однако еретики стали не врагами болгар, а их добрыми соседями. Это способствовало возникновению новой дуалистической ереси (в ее славянской редакции) - болгарского богомильства. Павликиане и богомилы района Филиппополя оказывали влияние на окрестное греческое население. Они имели приверженцев и на юге Фракии, и в Малой Азии, и в самом Константинополе.
Отказ от труда на господ являлся одной из главных социальных идей богомильства. Ересиарх-богомил Василий, врач по профессии, пользовался авторитетом даже в столице империи. Его 12 помощников (столько же учеников было у Христа) назывались апостолами. Около 1111 г. Василия сожгли на ипподроме, а его учеников, как и вождей филиппопольских еретиков, - сгноили в тюрьмах.
Известно, что богомилы принимали активное участие в народно-освободительных восстаниях против византийского господства на землях бывшего Болгарского царства. В 1078 г. под руководством павликианина (богомила?) Леки восставшие захватили Сердику (Софию), а ее епископа убили. В 1084 г. богомил Травл, узнав о том, что его родные под Филиппополем пострадали как еретики, организовал из павликиан отряд и присоединился к печенегам. Укрепившись в заброшенной крепости, он совершал дерзкие набеги на окрестности Филиппополя. В битве с ним и его союзниками-печенегами был разгромлен и убит крупнейший полководец империи Григорий Бакуриани.
В Константинополе время от времени возникала то та, то другая ересь, о социальном составе приверженцев которой чаще всего почти ничего не известно. Рано или поздно ересиархи подвергались репрессиям, как некий Нифонт, произносивший при Иоанне II Комнине в собраниях и на площадях столицы речи против ветхозаветного "еврейского бога". Нифонт был брошен в темницу. Официальные церковнослужители и представители светской власти стремились опорочить личность учителей ереси как носителей порока с самого их рождения, а также доказать, что истоки ереси имеют иноземное происхождение. Анна Комнин, говоря об Иоанне Итале, и ее современник Киннам, рассказывая о некоем Димитрии, подчеркивают, что те долго жили на Западе, где понахватались всяких сомнительных идей, и мудрствуют, доказывая, что один и тот же (Христос) не может одновременно и равняться богу и быть менее его... (В евангелии действительно утверждалось, что сын божий равен богу-отцу, на там же Христу приписывалось высказывание: "Отец мой более меня есть" )